物語は遠い未来に設定されています。大地は荒廃し、人類は移動要塞都市「プランテーション」を築きました。プランテーション内で生み出されたパイロットたちは「鳥籠」とも呼ばれるミストルティンで暮らしています。子供たちは外の世界も、空を自由に飛ぶことも知りません。彼らの生活は任務を遂行するために戦うことだけで成り立っています。敵は「叫竜」と呼ばれる謎の巨大生命体であり、子供たちは「フランクス」と呼ばれるロボットに乗って戦います。子供たちにとって、フランクスに乗ることが存在の証明なのです。 ヒロという名の少年はコード016と呼ばれ、かつては天才と知られていました。しかし、今では落ちこぼれとなり、自分の存在は不要だと感じています。フランクスに乗れないことは、存在しないことと同じなのです。そんなある日、彼の前に「ゼロツー」と呼ばれる謎の少女が現れます。彼女の頭には二本の角が生えています。